Détermination des sucres reducteurs

Les sucres reducteurs peuvent réduir à l'acide 3,5-dinitrosalicilique (DNS) sous déterminées conditions. Préparer le reactif DNS: 100ml de solution DNS 2mM dans NaOH 0.2N et 250ml du solution du tartrate du sodium et potassium 4-hydrate 2.12M. Mélanger ceux deux solutions et emmener dans 500ml. Si l'echantillon a des protéines, celles-là peuvent produir des faux positifs, pour les éviter desprotéinizer 5ml d'echantillon en ajoutant 1ml de l'acide acetique 1N; centrifuger (4000 x g, 10min). Peut être possible la présence des di, tri ou polisacharides avec plus d'un component reducteur, dans ce cas on neutralise avec NaOH 1N pour éviter une possible hydrolysis acide. Mettre 4.475ml de l'eau et 2.5ml d'echantillon sur 500µl du reactif DNS. Laisser cette mélange dans de l'eau bouillante pendant 5min et mesurer de l'absorbance à 540nm.

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Détermination des sucres par TLC

Mettre 10µl d'echantillon à 40µl de la piridine. 30min plus tard à température ambiance et en tube fermé, mettre des echantillons de 5µl sur plaques TLC Kieselgur-G (10x10 cm). Les plaques sont developpés dans 1-butanol:isopropanol:eau (10:5:4, v/v). Quand le dissolvent est près du bord de la plaque, on le quitte, on évapore le dissolvent avec d'une courrante d'air chaud et révéler. Sur les plaques du TLC nébulicer une solution du H2SO4 5% dans etanol et laisser à 105 ºC pendant 15min. Les sucres seront vus comme des taches de la couleur noire ou marron.

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Détermination des protéines: méthode de Lowry.
Ce méthode s'est basé sur la réaction du Biuret, où les proteines reactionent avec du cuivre dans de la solution alkaline et par reduction du reactif de Folin-Ciocalteau (acide phosphomolibdique-phosphotungstique), qui s'est reduit à hétéropolymolibdene bleu par l'oxydation des acides aminés aromatiques catalisée par du cuivre. Ce reaction est beaucoup pH-dépendient, on doit mantenir entre 10-10.5.
 
Reactifs:
 Solution A: CuSO4 · 5 H2O 0.5% (p/v).
 Solution B: Tartrate du sodium et potasium 1% (p/v).
 Solution C: Na2CO3 2% dans NaOH 0.1M.
 Solution D: Reactif de Folin-Ciocalteau/H2O (1:2 v/v).

Méthode:
Mélanger des volumes égales de A et B; prendre un volume de cette mélange et diluir dans 50 vol. de la solution C (reactif 1). Ajouter 5ml du reactif 1 à l'echantillon problème (1ml). Mélanger et laisser à température ambiance pendant 15 min: préparer dans ce moment la solution D. Quand les 15 min se sont fini, ajouter 0.5ml de la solution D, mélanger, lesser réposer par 40 min, et mésurer de l'absorbance à 750nm.

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Détermination des protéines: méthode de Stoscheck
Les protéines absorbent de la lumière dans la zone de l'ultra-violet, ayant deux maximum: un à 205nm et autre à 280nm. À cette dernière longitude d'onde absorbent fortement les acides amines avec des anneaux aromatiques (Tyr, Trp), mais l'absortion à 205nm est très similaire pour toutes les protéines. Ce méthode s'est basé en l'estimation du E205mg/ml, avec une corection pour le contenu du Tyr y Trp dans l'echantillon:

 E205 = 27 + 120 (A280·dilution/A205·dilution)

 Où A280: absorbance à 280nm, et
       A205: absorbance à 205nm.
 
Une fois obtenu le valoir du E205, la loy de Beer-Lambert est apliquée (l'absorbance d'un echantillon est egal à la concentration de la mème par son coefficient d'extintion et par le pass optique). Le résultat est expressé en mg/ml. Ne pas oublier le facteur de la dilution pour chaque echantillon (1:9 = 10, 10:990 = 100...) compter sur que la linealité de cette loy n'est pas asurée par valeurs plus grands que 1: estimer que si A280~0.2,  A205~1.

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Détermination des lipides par TLC
Une technique pour vérifier la composition des grasses est basée dans l'employ des plaques type Kieselgur-G, en employant comme phase movile éther du petroleum-éther ethylique-acide acétique (90:10:1). N'est pas facile definir la dilution des echantillons prés d'être injectée sur la plaque, mais ce dépendra de ce qu'on veut voir. C'est à dire, pour voir des tryglicerides, comme ils sont les components les plus abundants, la dilution sera mayeure que si on veut voir des autres components. L'echantillon doit être dissout dans una dissolvant organique. Si l'echantillon est aqueuse il faut faire un vortexé tres vigoreux  et de la centrifugation pour prend la fraction organique. Une fois developpée les plaques, le dissolvant  sur la plaque doit être évaporé avec de l'air chaud et elles doivrent être mises dans une solution du NaOH 0,01N (neutralisation de la matrix) par 1 minute. Alors, elles sont mises dans une solution du bleu du bromothymol (40mg dans 100ml) dans NaOH 0,01N (developpé des lipides) et elles sont mantenues pendant 1 heure. Les lipides se montrent comme des taches en bleu-vert (sauf des éxceptions) sur un fond blanc ou blanc-bleu. L'ordre de la migration de les differents components, de moindre a majeur Rf c'est:

phospholipides et les autre lipides polaires<monoacylglycerols<diacylglycerols<cholesterol (d'une cuoleur verte)<acides grasses (jeunes)<triacylglycerides<ésthers de l'acyle<ésthers du cholesterol (verts)

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SDS-PAGE
Le dodecyl sulfate du sodium (SDS) est un détergent qui dénaturalise à les protéinas. On est obtenu que ces protéines, dans une courrante électrique, ils migrent d'accord à sa mass moléculaire parce que le SDS s'ajoute à eux en creant une densite de la charge qui est égal  par unité de surface dans toutes les protéines. Préparer las suivantes solutiones :

A) Solution des monomères(30%T 2.5%Cbis)  
Acrylamide, 58.4g  
Bis-acrylamide, 1.6g  
eau, jusqu'à 200ml.  
laisser à 4 ºC et obscurité

E) Iniciateur
Persulfate d'amonium 10%

B) 4xbuffer pour le gel separateur  
(Tris-HCl 1.5M, pH 8.8)  
Tris, 36.3g, ajouter le pH avec HCl  
eau jusqu'à 200ml

F) 2xbuffer pour les echantillons  

(Tris-HCl 0.125M, SDS 4%,  glycerol 20%, ß-mercaptoethanol 10%, pH 6.8)

Tris, 2.5ml de la sol. C  
SDS, 4ml de la sol. D  
Glycerol, 2ml  
ß-mercaptoethanol, 1ml  
bleu du bromophenol, 100µg  
eau jusqu'à 10ml  
Mettre en alicuotes et geler

C) 4xbuffer pour le gel acinateur  
(Tris-HCl 0.5M, pH 6.8)  
Tris, 3g, ajouter pH avec HCl  
eau jusqu'à 50ml

G) buffer pour les électrodes   
(Tris 25mM, Gly 0.192M, SDS 0.1%, pH 8.3)  
Tris, 2g  
glycine, 57.36g  
SDS, 40ml de sol. D  
eau jusqu'à 4L

D) SDS 10%

TEMED

pour préparer des gels 10% avec acinateur 4%, mettre ce table (chaque unité electrphorétique a ses propes gels d'une taille determinée, c'est pour ça qu'on doit être prise comme de référence):
 

Solution

Gel separateur

Gel acinateur

A

20ml

2.66ml

B

15ml

/

C

/

5ml

D

0.6ml

0.2ml

Eau

24.1ml

12.2ml

 

Degassifier

Degassifier

E

300µl

100µl

TEMED

20µl

10µl

Préparer le gel separateur et, une fois degassifié, ajouter la sol. E et le TEMED, mettre-les sans former des bulles dans le formateur des gels.Laisser sur la surface une petite couche d'isobuthanol (il permit la polymerisation des monomères en evitant la diffusion de l'oxygène, qui est un inhibiteur de cette réaction) et attendre de la polymerization. Laver l'isobuthanol avec de l'eau et ajouter la sol. pour le gel acinateur. Prendre les peignes et attendre de la polymerisation.

Ajouter des parts egals de la Sol. F avec l'echantillon et laisser par 90 s dans de l'eau bouillante. ajouter la sol. G das les deux électrodes et ajouter les echantillons dans ses places.

Mettre chaque gel à 15mA jusqu'à ce que le bleu du bromophenol soit sur le bord inférieur (si on a deux gels prendre 30 mA).

Developper les gels.

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Teinture des gels de l'acrylamide avec du cuivre
Cést une teinture pue employée mais très effective, elle est plus sensible que les classiques avec bleu du coomasie quand est employée dans SDS-PAGE. Le Cu2+ forme des clusters avec le SDS, deviennant le gel une cuoleur bleue, et il forme aussi des clusters avec le SDS et les groups aminés des protéines, dans ce cas le gel reste incolore. Il s'agit d'une teinture negative, qu'elle doit être observée sur un fond noir. Il faut qu'on lave le gel avec de l'eau et le mettre dans une solution du clorure du cuivre 0.3M et lesser pendant demie heure. N'est pas necessaire de fixer les protéines, parce que les protéines forment des clusters avec la polyacrylamide et ça est sufficientpor les fixer. Une fois teinturé les gels ils doivrent être restés dans une solution aqueuse parce que si non, ils se séchent et la teinture se perde. Les protéines peut être récupèrées en lavant les gels avec EDTA.

Ce teinture peut être employée avec native-électrophoresis, dans ce cas les protéines restent bleus sur un fond bleu claire. le limit de la detection c'est, dans ce cas, similaire à ce de la teinture avec bleu du coomasie.

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Détermination des acides grass: Rodamine 6G
C'est méthode c'est basé dans la reaction du colorant rodamine 6G (forme basique) avec des acide grass. Le reactif Rodamine 6G c'est preparé en dissolvant 20mg de la Rodamine 6G dans 20ml du KH2PO4 0.2M, pH 11 (ajouter avec NaOH). La forme basique de la Rodamine 6G se prends par agitation vigoreuse, dans l'obscurité, avec 200ml du Benzene spectral-grade. Quand les phases se dettachent, l'organique est décantée et elle est gardée à température ambiance et avec des pellets du NaOH (pour mantenir le pH) et en obscurité. La solution colorante obtenue (0.01%) est stable pendant 2 semaines.

Pour une perfecte realisation de l'assay c'est necessaire d'extraire les acides grass si on est dans une solution aqueuse en employant des dissolvants de haute purete. Une fois qu'ils sont extraits avec de la agitation vigoreuse (avec éther du petroleum nanograde ou reagent-grade, fraction 30-60º) et les phases sont séparées, on prends une fraction de ce dissolvant organique et c'est evaporé avec d'azote. Les acide grass sont assayes en assayant 1.5 ml de la solution de la Rodamine (préparer en mélangant des volumes egals du réactif rodamine et benzene spectral grade) et en mélangant doucement. Le colorant dilué est instable, c'est pour ça qu'on doit être mantenu concentré. 15 minutes plus tard à temperature ambiance, on mesure de l'absorbance à 515nm, en employant le reactif dilué comme de blanc. La couleur est stable pendant au moins 3 heures.
tote le material employé (des tubes et des cubettes en verre) est lavé avec de l'acide chromique, plusieurs fois avec de l'eau destillé, avec de l'ethanol et sechées. Ce nettoyée c'est critique: la rodamine teinture beaucoup les murs du verre contaminés avec du material organique.

Le spectrum du complex rodamine-acide linoleique dans du benzene a un point isosbestique à 495nm et un maximun à 515nm. Pour une quantité donnée de l'acide grass, l'absorbance sera 5 fois plus grand à 515 nm que à 535 nm. La linealité se mantiens entre 5-70nmol/ml. Les acidos grass à chaine longée avec des differents grades d'insaturation ont des patrons spectrophotometriques presque égals. L'oleate peut être un acide grass standar pour soit peu autooxydable.

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Détermination des prottéines: methode de Bradford
Le maximun d'absorbance du bleu de Coomasie dans solution acide est entre 495 a 595nm depuis d'avoir ajouté des protéines parce que la forme anionique est stabilisé par des interactions hydrophobiques et ioniques. Ce teinture réagit avec des restes de l'Arg et en moindre grade avec de l'His, Lys, Tyr, Trp et Phe. Il y a plusieurs des protocoles selon la quantité de la protéine à mesurer. Le réactif de Bradford se faire selon:

Dissoudre 100 mg de Coomasie blue G dans une mélange de 100ml d'acide phosphorique 85% et 50ml d'ethanol 95%. Dissoudre complétement la teinture et ajouter à 1 litre avec de l'eau destillée froide. Le reactif est stable à température ambiance depuis au moins 2 semaines.

 MÉTHODE 1,  0,2-20 µg protéina/ml.
Prendre dans des tubes des echantillons de 20µl. Ajouter 50µl du NaOH 1M. Le NaOH peut être mélangé avec du reactif (50µl/ml pour permettre un sole pipetté). Ajouter 1ml du reactif de Bradford. Incuber 5-30 minutes. Mesurer de l'absorbance à 595nm dans des cubettes du verre ou polyestirene.

MÉTHODE 2, 5-100µg protéine/ml.
Ajouter 200µl du reactif de Bradford avec du NaOH dans 800µl d'echantillon. Incuber 5-30 minutes. Mesurer de l'absorbance à 595nm dans des cubettes du verre ou polyestirene.

 MÉTHODE 3, 20-140µg protéine/ml.
Ajouter 5ml du reactif de Bradford avec du NaOH à 100µl d'echantillon. Incuber 5-30 minutes. Mesurer de l'absorbance à 595nm dans des cubettes du verre ou polyestirene.

Ce teinture tends à s'adherer a la suface des cubettes. Entre mesures les cubettes sont netoyées avec du methanol. Une fois finalisé l'assay elles sont lavées et pris dans HCl 0.1N pendant quelques heures, ou bien elles sont netoyent avec du détergent concentré et éclairsées avec de l'eau et acétone. Des hautes concentracions de la protéine se dettachent de la linealité; pour augmenter le range d'assay il est possible de travailler avec la différence A595 - A465. Quelques heures plus tard on peut voir un précipité; ce n'est pas un problème, on peut réaliser les mesures avec de son resuspension.

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Native-PAGE
Le système des buffers décrit à continuation c'est non denaturant: il ne contien pas  ni détergents ni d'autres agents denaturants, en plus, il est designé pour obtenir la plus grande résolution avec presque toutes les protéines. Préparer les suivantes solutions:
 

Buffer pour l'électrode inférior (+): (63 mM Tris, 0.5 N HCl, pH 7.47) 
Tris, 22.7g 
HCl 1N 150ml

eau jusqu'à 3000ml

Solucions des monomères  
Acrylamide-bisacrylamide: 
@A) gel pour developpe (29.1% w/v acrylamide; 0.9% bis-acrylamide) 
Acrylamide, 29.1g 
bis-acrylamide, 0.9g 
H2O  jusqu'à 100ml 

@B) gel acinateur (6.25% T, 20% C) 
Acrylamide, 5g 
bis-acrylamide, 1.25g 
eau jusqu'à 10ml

Buffer pour l'électrode superieur (-): (37,6mM Tris, 40mM Gly, pH 8.89) 
Tris,  4.56g 
Gly, 3g 
eau jusqu'à 1000 ml

Persulfate amonique 10% 
(NH4)2S2O8  1g 
eau jusqu'à 10ml

Buffer pour le gel separateur (4X): (947 mM Tris, 0.289 N HCl, pH 8.48) 
Tris,  11.47g 
HCl 1N, 28.92 ml 
eau jusqu'à 100 ml

TEMED

Buffer pour le gel acinateur (4X): (158 mM Tris, 0.256 N H3PO4, pH 6.9) 
Tris,  1.92g 
H3PO4 1 N, 25.6 ml 
eau jusqu'à 100 ml

Solution coulorant de la saccharose: (saccharose 50%, bleu du bromophenol 0.1%) 

Saccharose, 5 g 
Bleu du bromophenol (1% w/v), 1ml 
eau jusqu'à 1000 ml

 
Dans ce moment, pour préparer des gels avec des differents mesurée du pore compter sur ce table (les différents unités électrophoretiques ont des gels avec une déterminée taille, c'est pour ça que ces quantités varient avec les différents unités):

Quantités pour un gel de 1,5 mm d'épaisseur



% acrylamide        7,5             10             15                  5                             3


monomères.  3,8ml @A    5ml @A    7,5ml @A    2,4ml @A     10ml @B o 0,15ml @A


eau                      8ml            6,8ml      4,3ml             10.8ml               /        o      10ml


buffer                  3,75 ml tampón gel separador             5 ml tampón gel acinador

                                                Degassifier pendant 10 minutes,


TEMED                                 7,5µl                                               5µl


(NH4)2S2O                     50µl                                               17µl


 
Préparer le gel separateur, mettre-le sans former des bulles dans le formateur des gradients.Vertir sur la surface une fine couche d'isobuthanol (il permit la polymerisation des monomères en evitant la diffusion de l'oxygène, qui est un inhibiteur de cette réaction) et attendre de la polymerization. Laver l'isobuthanol avec de l'eau et ajouter la sol. pour le gel acinateur. Prendre les peignes et attendre de la polymerisation.

Préparation des echantillons. Ajouter la concentration de l'echantillon à 2-10mg/ml. Mélanger un volumed'echantillon (dissolue dans 1/4 du buffer pour le gel acinateur + 3/4 H2O) avec 0.1 volumes de la solution teinture de la saccharose.

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