Napoleón obtuvo el mando de las operaciones contra Gran Bretaña, y decide atacarla indirectamente en el Mediterráneo (1798). Sus tropas ocuparon Malta y desembarcaron en Alejandría con 32 navíos de guerra, 232 de transporte, 2.000 cañones, 32.000 soldados, 175 ingenieros y científicos destinados al estudio del país. Los franceses derrotaron a los mamelucos y tomaron El Cairo. Inglaterra al ver amenazada la ruta hacia la India, decide atacar, tras la victoria naval de Nelson en Abukir (1798), el ejército francés quedó aislado de Francia. El triunfo terrestre ante el imperio otomano en Abukir no resuelve la situación, la penetración francesa es detenida en San Juan de Acre.  Rusia y el imperio otomano se alían, pasando Malta y el Mediterráneo bajo control inglés, en 1802 finaliza la ocupación francesa de Egipto.